Los franciscanos llegaron al Perú el año 1532. De allí pasaron al Alto Perú, hoy Bolivia. El año 1540, Pedro de Anzúrez funda la ciudad de Charcas, año en que es erigido el convento San Francisco de Chuquisaca. En 1547 se funda el convento de San Antonio de Potosí; y en 1548, el de Nuestra Señora de los Ángeles de La Paz.

En 1553 se constituye la Provincia de los 12 Apóstoles que abarca toda Sudamérica. En 1565, el Capítulo celebrado en Valladolid (España) la divide. De ella nace la gloriosa Provincia de SAN ANTONIO DE LOS CHARCAS. Siguen las fundaciones de conventos: San Francisco de Pocona, 1577: San Francisco de Cochabamba, 1581; Nuestra Señora de los Ángeles de Mizque, 1660; Santa Ana de Chuquisaca, 1600; Nuestra Señora de Guadalupe de Oruro, 1606; y nuestra Señora de los Ángeles de Tarija, 1606.

Los Colegios de Propaganda Fide cerraron su labor específica con la asunción de los Vicariatos. Así, los Colegios de La Paz y Sucre se organizaron en el Vicariato del Beni; el de Tarata, en el Vicariato de Chiquitos; y los de Tarija y Potosí, en el Vicariato del Gran Chaco. Los primeros Vicariatos fueron: el de Beni, 1917; el del Gran Chaco, 1919; y el de Chiquitos, hoy Diócesis, 1930. Los más recientes son: Ñuflo de Chávez, 1951: Coroico, 1958, hoy Diócesis; y la Prelatura de Alquile, 1961.

El año 1971 nació la FEDERACIÓN FRANCISCANA BOLIVIANA con la finalidad de formar una sola Provincia en Bolivia que integrara a todos los franciscanos que trabajaban en este país.

Por decreto del Ministro General, Fr. John Vaughn,OFM, dado en la ciudad de Roma el 6 de junio, en ceremonia solemne presidida por él mismo, fue erigida la VICARIA MISIONERA DE SAN ANTONIO EN BOLIVIA el 16 de Julio de 1984.

El 17 de Septiembre de 1987 entraron en vigor las nuevas Constituciones Generales de la Orden, y con ello la Vicaría pasó a llamarse “Viceprovincia”.

Del 8 al 16 de Julio de 1993 se llevó a cabo el primer Capítulo de la nueva Provincia Misionera San Antonio: el día 8, al comenzar el Capítulo, se había promulgado el decreto por la que la Viceprovincia pasaba a ser Provincia Misionera San Antonio en Bolivia.